Более двадцати лет (с 1834 по 1857 год) Игнатий (Брянчанинов) был наместником монастыря и выполнил пожелание императора Николая I: «Я тебе даю Сергиеву Пустынь, хочу, чтобы ты жил в ней и сделал бы из нее монастырь, который в глазах столицы был бы образцом монастырей».
Огромными трудами настоятеля Сергиева Пустынь действительно встала в один ряд с Донским, Симоновым монастырями, Александро-Невской лаврой. Сам Государь неоднократно приезжал и просил благословения на свои начинания у святителя. Советов и наставлений искали у Игнатия (Брянчанинова) Н. В. Гоголь, Ф. М. Достоевский. Игнатию Брянчанинову посвящена повесть Н. С. Лескова «Инженеры-бессребреники».
Игнатий (Брянчанинов), ученик иеромонаха Леонида (Оптинского старца в 1829–1841 гг.), начал восстановление обители с возрождения строгого устава монашеской жизни и упорядочения богослужения, введения «практики умного делания», ежедневной исповеди, как в Оптиной пустыни. Путь стяжания духовного опыта – молитва, и первым шагом на этом пути является пение, своего рода «телесная молитва».
По поводу пения Игнатий Брянчанинов заметил в одном из своих писем (собраны и опубликованы игуменом Марком Лозинским в 1995 году): «…от этой молитвы, сопровождаемой сильною наружною ревностию, также плотскою, переходит человек к сердечному и умственному вниманию, причем ревность действует с тихостию и благообразием». В соответствии с этим формировался и строй жизни Троице-Сергиевой пустыни.
Постижение искусства молитвы начиналось с клиросного пения, и все новоначальные иноки, придя в пустынь, получали послушание в братском хоре. Лучшие церковные композиторы того времени – П. И. Турчанинов, А. Ф. Львов (автор гимна «Боже, царя храни») – писали свои музыкальные произведения для монастырского хора, который в 1840-е годы был признан первым в России монашеским хором. Особенно прославился сподвижник и близкий друг Игнатия (Брянчанинова) схимонах Михаил (Чихачев), бас-октавист.